Finalmente, Fernando VII acabó derogando la ley sálica y nombró heredera directa a su hija, desplazando así a su hermano de la línea sucesoria.
Pero Carlos María Isidro no iba a aceptar por las buenas la voluntad de su hermano.
Apenas días después de la muerte de su hermano, el infante se proclamó a sí mismo rey con el significativo nombre de Carlos V y, en octubre de aquel mismo año, dio comienzo la conocida como primera guerra carlista, en la que los partidarios de Carlos V y los de Isabel II se enzarzaron en una cruenta contienda que duraría seis años.
Los llamados “isabelinos” o “cristinos” fueron, a la postre, los vencedores y Carlos V tuvo que exiliarse en Francia con su familia en 1839.
Fernando VII
Sin reconocer directamente a su sobrina como legitima reina y todavía con destacados partidarios, Carlos V permaneció en el país vecino durante bastantes años intentando influir en los devenires del inestable gobierno del país y presentándose como una alternativa cada vez que la situación lo permitía.
Fue en Francia donde abdicó, en 1845, en su hijo mayor Carlos Luis y finalmente murió en Trieste diez años después, en 1855.
Su abdicación justo en ese año no tuvo nada de casual, pues en ese momento Carlos María Isidro y María Cristina de Borbón habían acercado posturas ante la posibilidad de casar a los primogénitos de ambas ramas y dar así un definitivo cierre a un enfrentamiento que había dejado importantes cicatrices en la sociedad del momento.
Sin embargo, este enlace, que hubiera situado a ambas ramas en el trono de Madrid, jamás se produjo y el mismo año en el que la joven reina Isabel II se casaba con otro de sus primos, Francisco de Asís de Borbón, Carlos VI pasaba a Londres y publicaba un manifiesto que llamaba a la guerra armada contra el gobierno de la reina, dando inicio así a la segunda guerra carlista.
Esta guerra, que algunos historiadores dejan en simple conflicto puntual o levantamiento violento, tuvo lugar predominantemente en Cataluña y no solo estuvo propiciada por el llamamiento del pretendiente carlista, sino también por otras causas como la profunda crisis que asolaba la región o el profundo descontento de los habitantes del lugar con el sistema de reclutamiento impuesto desde el gobierno de Madrid, entre otros factores.
Esta guerra duró tres años y finalizó en 1849 con el éxito rotundo del ejército de Isabel II, quien dio ese mismo año una amplia amnistía a los carlistas que decidieron quedarse en España.
Fracasado este intento de recuperar el trono que legítimamente le correspondía, Carlos VI se casó con su prima Carolina de Borbón-Dos Sicilias y se estableció en Italia, desde donde siguió intentando hacerse con el trono de España, tratando incluso de auspiciar una nueva rebelión en 1855 que no pasó de ser un pequeño levantamiento fácilmente reprimido.
En el año 1860 trató de iniciar una nueva rebelión dirigiéndose a las Islas Baleares, donde desembarcó acompañado de 4.000 hombres, pero fue vencido y hecho preso junto con su hermano Fernando.
Ambos abdicaron de sus derechos al trono mientras estaban en cautiverio, aunque fueron pronto liberados por su prima.
Una vez en libertad, ambos negaron la validez de sus respectivas renuncias, pero su hermano Juan, al que beneficiaban los actos de sus dos hermanos mayores, consideró que no podían retractarse y se proclamó rey con el nombre de Juan III pese a sus protestas.
Las muertes sucesivas tanto de Carlos VI como de Fernando poco después evitaron una mayor escisión de la rama carlista, que ya estaba enfrentada por las tendencias fuertemente liberales del heredero, el mencionado Juan III.