Su posicionamiento político liberal granjeó poco apoyo al nuevo rey carlista que, como ya hemos dicho, no solo luchaba por los derechos dinásticos de esa línea real en concreto, sino más que nada por una forma más tradicional y conservadora de concebir la política y, por extensión, la sociedad.
Ante la contradicción que parecía suponer la aparición de un pretendiente carlista de tendencias liberales, sus seguidores, comandados por la viuda de Carlos V, María Teresa de Braganza, pusieron sus esperanzas en su heredero, Carlos.
Comprendiendo el origen de la ruptura, Juan III abdicó en su hijo en 1868 y le apoyó en sus empresas posteriores.
También hay que tener en cuenta que Juan III no solo fue pretendiente al trono de España, sino también al de Francia, cuando la muerte del último de los descendientes varones del exiliado rey Carlos X, el conde de Chambord, hizo recaer en él, según los legitimistas borbónicos, los derechos al trono de Francia, que solo podía heredarse por línea masculina.
Su hijo, el ya mencionado Carlos, aunó de esta manera los derechos al trono de España y de Francia pero sus actividades se vincularon a reclamar de forma activa solo la primera de estas coronas.
En 1868, aprovechando los movimientos políticos que empezaban a tomar forma en España en contra de Isabel II, Carlos VII se presentó como alternativa, pero no consiguió muchos apoyos y finalmente llegó al trono Amadeo de Saboya, para luego instaurarse la I República.
Carlos VII no se dejó derrotar y se vinculó a un partido político con una ideología muy similar a la del carlismo más tradicional, bajo el nombre de Comunión Católico-Monárquica, con el que consiguieron una gran representación en aquellas zonas donde el carlismo había tenido un gran arraigo y hasta medio centenar de diputados en el Congreso de los Diputados.
Esta acción política proporcionó una importante red de apoyo a Carlos VII cuando, ante la caótica situación de España, los carlistas decidieron acudir a la expeditiva vía militar para situar a su pretendiente en el trono que supuestamente le correspondía.
La tercera guerra carlista
En 1872 dio comienzo la llamada tercera guerra carlista y tuvo una importante relevancia en las zonas del País Vasco y Navarra. En estos territorios el conflicto duró varios años y no fue hasta 1876, ya bajo el gobierno de Alfonso XII, cuando la guerra terminó con una nueva derrota acabó con las esperanzas de los carlistas.
Alfonso XII
Carlos VII partió hacia el exilio y, aunque no volvió a residir en España, el carlismo continuó teniendo representación política a través de representaciones políticas de tipo tradicionalista, haciendo de esta vía su línea de actuación en los años siguientes. Murió en 1909 y fue sustituido por su hijo Jaime III.
La época que le tocó vivir a Jaime III fue, sin duda, enormemente convulsa. Durante la Primera Guerra Mundial permaneció fuertemente vigilado en su residencia de Austria y prácticamente fue tenido preso por el gobierno austriaco, que le consideraba un personaje peligroso no solo por sus actuaciones respeto a España, sino especialmente por su vinculación a Francia, pues seguía siendo también el pretendiente legitimista francés.
Durante ese tiempo, tuvo pocas posibilidades de dirigir el partido carlista que, pese a todo, siguió funcionando mediante la vía política que había inaugurado su padre.
Una vez terminada la guerra y viviendo en Francia, Jaime asumió de nuevo el control perdido y se opuso en los años subsiguientes tanto a la dictadura de Primo de Rivera como al gobierno de la República, aunque no tuvo el suficiente poder como para convertirse en un opositor a tener en cuenta en ninguna de estas instancias.
Falleció repentinamente a finales de 1931 sin dejar hijos que le sucedieran y heredó sus pretensiones su tío Alfonso Carlos que inauguró una nueva etapa en el desarrollo del sistema político de los carlistas y una adaptación obligada a los nuevos tiempos que les iba a tocar vivir en los años siguientes.